局長：副局長；主任秘書；專門委員；簡任技正
海洋事務科：辦理海洋污染防治、海洋資源保育等事項。
海洋產業科：辦理海洋產業發展輔導及海洋休閒與遊憩等事項。
漁業行政科：辦理漁船及船員證照之核換發、輔導與訓練等事項。
漁港管理科：辦理漁港區域土地及公共設施之協調與規劃，漁港之規劃、管理等及其他有關市港事務之協調處理事項。
漁業推廣科：辦理海洋產品運銷輔導、漁民福利、魚市場業務輔導、漁會輔導等事項。
漁業工程科：辦理漁港區域及養殖生產區等工程與設施維護之規劃設計、審查、發包、施工、監造（督）、估驗及驗收等事項。
政風室：辦理政風事項。
人事室：辦理人事管理事項。
會計室：辦理歲計、會計及統計事項。
秘書室：辦理文書、庶務、出納、研考及漁民服務中心維護管理等事項。