廿一世紀將是強調海洋的紀元，高雄市得天獨厚，海港天成，是軍、工、商、漁多元化的港灣大都市，在各界的期望與支持下，高雄市議會第五屆通過修正「高雄市政府組織自治條例」，將原高雄市政府建設局所屬之「漁業處」提昇層級並擴編新設「高雄市政府港務局」。
繼而為配合海洋事務整體發展目標，俾與交通部高雄港務局組織型態區隔，高雄市議會第六屆將「高雄市政府港務局」更名為「高雄市政府海洋局」，並於93年1月1日起實施。復於99年12月25日高雄縣市合併，整併原有高雄縣政府農業處漁業管理科業務，辦理大高雄海洋相關事務。
為展現高雄市海洋施政願景，海洋局以既有的漁業發展基礎來拓展海洋事務，輔導海洋產業及海洋休閒遊憩提昇競爭力，防治海洋污染及維護海洋生態以利永續發展，達成建設高雄市成為海洋首都之目標。
